以上政策表述的十分明確，首先是在經銷貨方所在地主管稅務機關認證并出具《增值稅一般納稅人丟失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票已抄報稅證明單》的前提下，外貿企業才可以憑此申報辦理出口退稅。其次是國稅發[2002]10號文件中所規定的發票丟失前已通過防偽稅控認證系統認證的，或是發票丟失前未通過防偽稅控認證系統認證的，購貨單位憑銷貨單位出具的丟失發票的存根聯復印件到主管稅務機關進行認證通過的，也可以憑此申報辦理出口退稅。但是，隨著《國家稅務總局關于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發[2006]156號）文件的出臺以及發票管理使用規定的日趨完善，有些政策所述條款在當前已經失效。對此，2010年4月，國家稅務總局下發《關于外貿企業丟失增值稅專用發票抵扣聯出口退稅有關問題的通知》（國稅函[2010]162號）分為兩類情況進行了明確。

　　一是發票聯與抵扣聯全部丟失時。根據國稅函[2010]162號文件規定，對于外貿企業丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。文件首次明確在丟失已開具增值稅專用發票發票聯和抵扣聯的情況下，通過認證相符記賬聯可以作為外貿企業申報并計算出口退稅的依據。

　　二是有發票聯但抵扣聯丟失時。根據國稅函[2010]162號文件規定，對于外貿企業只丟失已開具增值稅專用發票抵扣聯的，在增值稅專用發票認證相符后，可憑增值稅專用發票發票聯復印件向主管出口退稅的稅務機關申報出口退稅。

　　從以上兩條規定看出，它與國稅發[2002]10號規定使用增值稅專發票的存根聯復印件辦理認證手續是有區別的。主要是因為國稅發[2006]156號規定，增值稅專用發票由發票聯、抵扣聯和記賬聯三聯構成，存根聯已不再使用。對此，新規定及時進行了調整與明確。

　　另外，在辦理此項業務時還有兩點需要注意。一是根據《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函[2009]617號）規定，自2010年1月1日以后，增值稅專用發票等扣稅憑證抵扣期限，由90天調整為180天。那么，外貿企業丟失已開具的增值稅專用發票（抵扣聯或發票聯），如還未認證的應在規定期限的180天內及時進行認證，并按上述兩類情況的要求辦理出口退稅的有關事宜。

　　二是對于各地主管出口退稅的稅務機關為了加強出口退稅的管理與審核，在增值稅專用發票信息比對無誤的情況下，才能按現行出口退稅有關規定辦理外貿企業丟失已開具增值稅專用發票的出口貨物。